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嘉靖年间东南闹倭寇，北方闹鞑子，打的一团糟。
葡萄牙人又和同行倭寇搅在一起，上岸后人家倭寇换身皮就是顺民，他们怎么换？于是大规模的葡萄牙人就如此时荷兰人一样，不能上岸就在周围岛屿上扎根，可还是被抄了老窝。
我们就想发点财，怎么就这么难呢？
在葡萄牙人到来中国前，澳门只是隶属于中国广东香山县的一个小渔村，明朝以前，澳门见诸于中国历史书中的大事件，当属宋末张世杰在此抵御元兵。对于明朝来说，这只是天朝治下的普通小村。而葡萄牙人最早知道澳门，是在正德年间他们抵达中国沿海时，当时的葡萄牙船队，曾把中国大陆沿海的岛屿绘制成海图，而后详细研究，确立了他们的侵占目标：首选双屿岛，其次福建横屿岛，再次，才是中国广东澳门。
在双屿岛之战后，原本刚刚在中国大陆站住脚的葡萄牙人，随即陷入了被明王朝的搜杀之中，嘉靖中后期十余年，葡萄牙多采取和倭寇合作，可皮与倭寇不一样，很多时候倭寇败了就换身衣裳，他们怎么逃？越发难以为继，严峻现实下，他们不得不改变政策，开始采取贿赂拉拢明朝沿海官吏的方式，以图得到好处。
于是，一群葡萄牙船队停泊在广东香山县沿海，谎称自己是东南亚国家入京的“贡使”，请求借地曝晒船上的货物。同时他们大笔白银贿赂了广东海道副使汪柏等人，最终骗过了中国官员，得以窃据澳门。事实上，葡萄牙人来时，明朝广东政府就知道他们的身份，早已严加戒备。
之所以允诺他们暂居澳门，一是因为此时汪柏正集中兵力搜杀日本倭寇，不愿横生枝节，二是此时大明正面临两线作战，北有蒙古骑兵侵扰，南有倭寇肆虐，东南沿海遭荼毒的结果，就是占明朝赋税大头的南方赋税锐减，如此局面下，明朝中也有人提出放松海禁，分化瓦解葡萄牙人，通过与葡萄牙人的贸易解决财政困难。因此葡萄牙这次的得计，也是顺理成章。
葡萄牙人入住澳门后，开始的很长一段时间，曾经奉公守法，一面每年缴纳大笔的租金，一面在澳门当地设立集市，与沿海边民进行贸易。与双屿岛时期不同的是，此时明王朝已经很懂经济规则，但凡是往来货物交易，皆要向福建市舶司缴纳赋税，否则将罚款扣船，加上葡萄牙人每年大笔的租金，一时间广东地区赋税激增。
同时为表忠心，葡萄牙人还出卖了一直和他们合作的海寇何亚八一伙，帮助明朝剿灭了这股横行东南沿海近十年的海匪。得意洋洋的汪柏在给明王朝的奏折里也借此表功，说“以贼平贼，今见功也。”
但从嘉靖三十六年开始，葡萄牙人就越发的不老实了，他们开始在澳门当地建楼盖房，甚至驻扎军队，将澳门变成他们永久的定居点。因他们每年大笔白银孝敬明朝当地官员，因此上下“皆不问”，不到十年，澳门当地就“筑室千所，夷万人。”
俨然成了中国大陆的国中之国。这期间他们坏事也没少干，比如大量拐卖人口，诱骗当地人入教，广东百姓称他们为“拐孩匪”，而随着实力的日益扩充，葡萄牙人野心又起。如果说此时的大明朝是澳门的房东，葡萄牙人只是澳门的房客，那么此时的葡萄牙房客们，已打起了鹊巢鸠占，据澳门为己有的念头。
葡萄牙人的最早挑衅，发生在嘉靖四十三年一月，这一年，葡萄牙人在澳门新落成的天主教堂上，俨然挂起了“圣母踏龙头”的塑像，意在把中国踩在脚下，此时被广东当地儒生告发后，引起明朝地方官大怒，曾遣使质问，但被葡萄牙人“拖”字当头，一面答应立刻拆除，一面却久拖不办。
此外，葡萄牙人更明目张胆，驱逐明朝派往澳门的市舶司官员，拒绝缴纳该年的租金和税收，此时的明朝正是平倭的关键期，特别在意葡萄牙每年缴纳充做军费的银子，如此一来自然大怒。明朝两广总兵俞大猷雄心勃勃，葡萄牙人倒霉撞到这位手里了，欲一举将当地葡萄牙人剿灭。
明军先行行动，派水师将澳门沿海外围封锁，进出澳门船只一律扣押，随时准备发动攻击。这一来把葡萄牙人吓坏了，深知大明朝不好惹，连忙求见明朝广东海道副使莫吉亨，先诚心悔罪，又给大笔金银孝敬，接着主动提出，不但补缴往年拖欠的租金，更把之后每年的租金和税收提高一倍。
看在钱的份上，莫吉亨做主，宽恕了葡萄牙的行为，而“圣母踏龙头”的塑像，也被葡萄牙人主动捣毁，明朝更警告葡萄牙，如果当地葡萄牙人再有违法行为，将以“连坐法”论处。
至于牛皮圈地的说法，纯属子虚乌有。他们敢拿牛皮圈地，大明就敢让他们站在牛皮绳上。
经此一闹，直至现在，葡萄牙人基本上老实了。值得一提的是，虽然日常行为“睁一只眼闭一只眼”，但主权问题，明朝毫不含糊，虽然葡萄牙人早就在澳门设立“总署”，派驻官吏，但澳门一直被明朝划归在广东香山县治下，尤其是司法权方面，在澳门当地大至人命官司，小至家长里短鸡毛蒜皮，皆要由明朝香山县县令审理解决，葡萄牙人毫无司法权力。
同时一旦葡萄牙人拖欠贸易税赋和租金，明朝通常会采取包围，断水断粮等惩罚性措施。因此明朝的澳门，绝非割让领土，而是明朝治下的一块“经济特区”。
葡萄牙真正得到澳门的主权，是在清朝入关后，先是趁明末变乱之际，取消了每年应向中国缴纳的商税，仅交租金。接着在清朝嘉庆年间，又向澳门派驻法官，将澳门的司法大权拿到手中，到了鸦片战争后，他们更趁清朝积弱之时，强迫清政府于1887年签订《中葡会议早约》和《中葡友好通商协定》，正式确立了澳门是葡萄牙领土。丢失澳门的罪责，确实应由满清政府承担。
但在明朝中后期，澳门这个“经济特区”，对明王朝的意义却是重大的，不但东南沿海贸易日益繁荣，日益剧增的贸易税收充实了国库，成就了嘉靖朝之后的“隆万中兴”。而且东西方文明的交往也从此开始日益扩大。
大批的西方传教士经澳门纷纷来华，而中国士大夫与西方学者的交流也日益频繁，西方的天文，数学，水利，历法等思想进入中国，明末科学家徐光启正是在澳门认识了传教士利玛窦后，二人合作翻译了西方经典数学《几何原本》，今天中国学校里数学，物理，化学的各类名词，皆最早来自此书。
而对西方来说，东方文明的输入，影响更为深远，此时已然流行的儒家哲学思想西传，被后来的西方启蒙思想家们所推崇，掀起了影响整个欧洲文明进程的“中国热”。毫不夸张的说，小小的澳门，是打开东西方文化壁垒的一扇门。
必须要再声明一次，明朝时澳门主权一直在手，明朝廷对外原则是极为敏感的，谁也不敢搞割土、卖土的买卖。顶多装糊涂当作不知道，但绝不会有人来搞什么卖国条约或和谈。
在司法方面，明政府采用符合澳门实际情况分别对待的方法。当澳门葡萄牙人触犯中国政府的法律规定时，予以治罪，驱逐澳门。立于澳门议事亭中的《海道禁约》，就是针对葡萄牙人历来的违法行为，于万历四十二年制定的，其第一款明文规定：禁止蓄养倭奴；中国官员发现违反此条款，“勒令尽数驱除”，逐出澳门，当澳门葡萄牙人自相侵犯时，明政府允许澳葡依照他们本民族的法律来审判治罪。
如果涉及中国人，不论属被告还是原告，都由中国官员审理。特别是发生杀害中国商民的人命重案，就要将杀人凶犯带往广州，按律处决。
在贸易税收的管理上，设立“澳关”，负责盘验，征收税银。万历二年，明政府在莲花茎设立关闸，凡省城供应澳门的酒米船只，以及澳门运往广州的香料船等，必须经香山县令亲验抽盘，防止违禁物品混入，并查对报税。
正德十二年，明政府已确定船货十分抽二的“抽分”方法。这对当时各处三十税一而言，是整整翻了六倍的重税。
针对葡萄牙人勾结中国奸商，买通“抽分”官员，造成关口执法不严，隐漏税大量增加的现象，明政府采取了由市舶提举司、海道衙门及香山县令一同对商船进行“丈抽”的收税办法，按船只大小和载货多少伯验收税，若发现船上有“走匿”货物，除补征税银外，“仍治以罪”。依据征税标准，澳葡每年应向广东市舶司纳税两万六千两，后增至四万六千两。
在军事戌防方面，明政府设置广东香山备倭参将直接管理澳门水陆防务。天启年间兵部题行稿载，该官管辖“陆则雍陌、塘基湾、澳门、前山等处。水则十字门、九洲潭、石龟潭、虎跳等处”。
此外，广东巡视海道史也负有“驭澳防矮”的重任，对“与奸徒私通，按济夷倭等，轻则量情惩治，重则参奏拿问”。还有广州海防参将，“统领水兵三千名”，担负着“弹压香山、澳门等处夷船，并巡缉接济私通船只”之责任。
万历二年，在澳门与大陆相连的咽喉要道莲花茎的中央，修建关闸一座，派有把总一员率官兵把守。为加强澳门防务，万历年间，明政府将广州海防同知衙门设在距澳门仅有一日路程的雍陌，调兵千人成防并设参将。
天启元年又把参将官署移至莲花茎西面数里的前山寨，戍守官兵大大增加，这样水陆两栖都可以任意出入澳门。澳门成为明政府军事防务的一个特殊地区。
在司法、税收、军事上，大明说了算，这不是主权是什么？
新税制颁布，重在商税，而朝鲜、日本先后落在大明手里，葡萄牙人的贸易成本上升，滋生不满。
澳门现在已经是火药桶，作为徐光启的弟子，侯峒曾来澳门当知县，就是要稳住这个火药桶，给征日大军争取时间，也是徐光启一系的投名状。
只要颜思齐的水师到位，澳门就是开头菜。
侯峒曾刚刚上任，就要面对一个问题，葡萄牙人开始增修防御工事，是按律拆除，还是忍耐不管，不刺激这些人？
广东可以压死澳门，否则葡萄牙人不会乖巧至今。而且人都是一样的，有了稳定的定居点，又有固定的贸易收入，就失去拼命闹事的勇气。
几代人下来，澳门不论汉夷，吃的满口流油，就算闹也是有底线的闹，又有几个敢向他们先辈那样做不文明的事情？
侯峒曾与何士晋有信心将葡萄牙人绑了送到矿山里，可皇帝的意思是绥靖，谁敢动手？
于是，侯峒曾二月初，独自一人就任澳门，开设衙门募集司吏，召集当地夷目，夷目是专设给澳门的小吏职称，即夷人头目的简称。由当地葡萄牙人市民议会选出的议长报备香山县，再由香山县任命，拿大明的俸禄。