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文官编制膨胀不严重，严重的是武官。
洪武时期，武官平日在都督府、都司、卫所等衙门任职理事，遇有战事则钦命元勋重臣为将帅，其下则率其属，听所命主帅调度。
明初，凡内外大小军职衙门官员俱有额数，以一标准卫辖五千户所计，每卫武职八十四员，独立的守御千户所标准为十五员。洪武二十六年全国有卫三百二十九个，守御千户所六十五个、外加都司、五军都督府等官，应有额缺二万九千左右。
朱元璋对武职与世袭特权的授予非常慎重，对战争中立功人员多赏少升，所以二十年间南征北战，武官只增加不到四千员。职位额缺大于官数，世袭者有职可任，对立功升迁者虚位以待。因此除幼疾等特殊原因，不会出现有官无职的情况，这是‘阶职合一’得以实现的基本前提。
靖难之役后，成祖为培养一批因靖难获益的军功新贵，也为大肆成批收买人心，多次升赏靖难军官兵及各地开城迎降者。此后漠北与海外用兵，又升授了大批武官。
他给自己的子孙留下了一个天大的包袱！
至宣德三年三月，兵部尚书张本奏称:“内外军职不下九万余人。”
永乐以后武官的人数是洪武额缺的三倍，尽管明朝在都司卫所之外组建京营，又添设了许多差委职位，但‘官人’还是远多于官缺的。成祖死后，明军从漠北及海外撤回，大批武官的安置成为一大问题。很多新任武官只是挂职于武职衙门领俸禄，并未到任理事。
如成祖即位，升宣府中护卫指挥佥事刘清为都指挥同知，仍令随侍，表彰其开金川门逢迎功也;奉天征讨官多有已升都指挥，而今仍于京卫更番宿卫者，虽已给都指挥俸，而宿卫与军士同列，名实不称;仁宗时，奉天征讨诸将虽受官给禄，仍有年逾六十尚留京师执行伍之役者。
职位有限而官员众多，竟有升至正二品都指挥使，仍与军士一样服役者。或以高级武职留任低级职位的情况也不断出现，如成祖命都指挥佥事刘达掌滁州卫事。让一个都指挥佥事干卫指挥佥事的差事，高职低差。
放在后世，就是让一个正军级干部，挂着中将军衔去做一个副师长或者旅长！
最初，刘达为滁州卫指挥佥事，以归附功升都指挥佥事，最终无官可给，仍命掌本卫事。官阶与职位已不对等。
当时的成祖皇帝，完全也被自己起家时大肆封赏而泛滥的军功世袭卫所军官阶层给拖累了，他也不敢对这些人裁撤。影响他的信誉，他也对当年的老兄弟下不了手，也担心激化矛盾。毕竟成祖时期的卫所军官，可都是杀人起家的，遇到想不通的事情可能就会提刀和你拼命！
同时，世袭制度必然会出现纨绔子弟，洪武、永乐时就有京畿卫指挥一早去衙门点卯，多不入公署处理政事的，遇有事务或责任就互相推避的情况。官员素质低下，不仅坐堂理政相互推诿，甚至渎职贪贿，苦虐、役占军士以谋私利，导致军士逃亡，军备废弛。
当时就有人建议:“慎选良将任以边寄，凡袭职幼官改调内地。”
于是兵部查考各卫所袭职幼官多者，选老成旧官一人相兼管事，仍敕都司不许差委，庶使行事得当，这样就能让军务能正常运转得到处理，但会产生更多的闲职，挂职白吃饭的武官出现。
人员大量增加，更加剧了武官素质的良莠不齐，朝廷必须对世袭武官加以简选。但涉及太广，困难重重。
显然，明王朝是不能坐视武职冗滥致使军政败坏的，但由于武职袭替制度的存在，武官过多的局面难以扭转，只能对任用方式加以调整。
宣德八年，兵部右侍郎王骥奏准:“宜行各处巡按监察御史、按察司及总兵镇守官从公推选，每都司卫所掌印官各一人，及选老成能干佐贰官二人，常留一人在任理事。”
并要求非有警急重务不许更替调动，仍以选定的这三名官员职造册回奏，负责与朝廷进行沟通。其他的卫所军官，则失去掌军政事的权力以及和朝廷沟通上奏的权力，彻底被闲置。
这三位官员，即所谓‘军政官’，专差管理都司卫所军政。最初军政官一旦选定，若无过犯即不更改。
至成化二年，因掌印理事者后人放肆而妄为，干着实际工作又无升迁门路;又有新袭职者，也想治事却也没有门路。
于是兵部自成化二年为始，以五年为期，令各处巡抚、巡按等官考选都司卫所军职，或进或退，必须合乎公论。
就是每五年对挂职于该卫所衙门的武官进行考察，并挑选重新挑选数员理事;若无合适人选，许可他们从官多的卫所分量调一二员管事，或‘一人兼数印’。
宁可让大多数人空领俸禄，也要保证在职理事军功的素质，这就是成化皇帝的决心。人可以白养，但你们就乖乖当米虫，别想跳出来败坏军政务。
以往世袭‘指挥使一卫之长’，如今是‘不论指挥使、同知、佥事，考选其才者充之’，都督府‘率皆公、侯、伯’及资深都督选充。
成化皇帝的举措，终于将泛滥的卫所官给收拾了一下，但也是治标不治本。
武职仅是官阶的高低，已与权责无关，受委为掌印、佥书才是该卫所衙门理事者。其他武官或受管屯等杂差，或调京营、边镇领军;剩余则是‘带俸’的有官无职者。上述官员又可通过考察、选任改变在职、在闲的状况。
与此同时，宣德以后，京营的编制固定下来;各边镇又差遣总兵等领兵长期戍守。其大小领军人员都从都督府、都司、卫所武官中选拔差委，并冠以镇守总兵、坐营、把总等名目。这些武官致仕、身故后，子弟则于原卫所袭职，武职衙门是他们支俸与子弟袭替之所。
因此，武官不论本身武职为何，都要经过简选承差，方有职权，且随时可以被革退带俸。明初有官即有职的局面宣告终结，武官的职权系于总兵、把总、掌印、佥书等管军、管事杂泛名目;武职则发挥表明武官身份等级、资格及部分待遇的作用。
这也使得京营、漕运系统发生很多令边军发笑的事情，堂堂一个世袭指挥使，进去只能当个管四五百人的把总。后来兵少将多，把总平白降了一级，只能管个一二百人。
起码在边军，世袭指挥使、同知、佥事等等的将门，因为多战事的原因，这些世袭职务还是有含金量的。
而九边以内，卫所军世袭军官，彻底演化成了大地主，还是与勋戚一起垄断内地武将选拔的阶层。
比如沂州杨家、济南历城鲁家、登州戚家等等。
内地的军户或民户子弟想要出人头地，没条件读书或没这个天赋，只能跑到九边去投军。
总兵、参将等等不是朝廷制官，故而没有品秩，武官品级与职位高低错位的情况难以避免。正统时，守备宁夏广武营都指挥使种兴与左参将丁信二人品秩相等，而丁信为参将，而种兴心中不平为啥自己却是守备?险些因为这个小矛盾，闹出大问题。
成化时，守备固原卫指挥同知冯杰与平凉等卫僚属职位相等，有战兵体系的守备加成，可他论品级还比不上平凉卫指挥使，于是威令不行……
镇不住人，于是乞令朝廷调换，朝廷调都指挥佥事樊盛往代冯杰守备;漕运总兵陈锐以把总陈裕等以指挥使职务督漕运，与所统卫官名分相等，难于行事，乞朝廷升赏其职;王玺以署都督佥事为总兵官，而署都督同知鲁鉴为左参将，王玺与鲁鉴品级相同，却矮半截，难于调遣鲁鉴，向朝廷乞解自己的兵权。
到后来，朝廷为了避免这些麻烦，调派总兵、参将时，都会加上都督或都督同知官职，方便压服九边卫所军。
也幸亏朱以溯是宗室，名义上来说卫所军世袭军官祖先都是朱家的属下，朱以溯这才能镇得住东路各卫所。然后根基稳定后，搬出国法大肆诛杀，东路卫所军制得以振兴。
不仅仅是卫所军恢复战斗力这么简单，还代表着原来的卫所衙门内种种冗杂官员被朱以溯连根拔起，罪行严重的杀袭职者夺世职，轻的也是剥夺家族世袭之权或降低世职。
东路的世袭军官经过朱以溯的清洗，留下的要么心向朱以溯，要么保持中立却本事过硬的。那些没本事还跳的高，有本事跳的更高的，都被朱以溯拍死了。
朱以溯被毒死，背后不仅仅是大同西路将门那么简单。而是除了大同东路以外，其他四路世袭卫所军官出身的将领、或掌卫所事的佥事都或多或少的参与了。
他们低估了朱弘昭的报复手段及拉拢手段，也低估了东路将士的愤怒和战力。于是朱弘昭临走前，将西路最鼎盛的麻家给洗了，李墨轩将西路近半将门洗了，随后东路将领接连两次获得突击提拔，全面掌控大同。
上有朝廷天启皇帝的暗示，而宣大总督崔景荣因朱以溯被害死而保持沉默，镇守太监刘时敏心怀怨恨故意纵容下，于是东路旧将将整个大同镇有嫌疑，或不合格卫所世袭军官家族给洗了，使得大同卫所军制全面振兴，恢复明初官职与袭职人数相符的局面。
大同卫所世袭军官家族就是前车之鉴，得到血的教训后，宣府镇的卫所官老实了不少，赵率教与渠家祯入驻宣府镇，这些卫所军官归还田地的还田地，本事不行的也自己退了下去。这些人还想着好好教育子弟，让他们能跟着振兴的卫所军制一起发达起来。
宣大一体两面，对这些识相的卫所世袭家族，大同系将领选择包容。
而现在解学龙主张一举裁撤四分之三的世袭武官、三分之二的文官，这个提议惊世骇俗，大家也就是凑热闹吵吵，不会有人当真。谁敢这么做，整个朝廷就没了……
现在朝堂里的人还想不到，崇祯皇帝继位后，因为废了厂卫自断手脚，搞的国家连税都收不上来。不能开源那就节流吧……
可地方文武关系错杂，谁能动他们的蛋糕？
既然官不能裁，那就裁汰地方胥吏衙役吧，于是刚当上驿卒没多久的李自成失业了。然后跑到甘肃镇当兵，被参将王国赏识提为把总。
后来九边欠饷都在闹，李自成带人砍了王国，逃了。没多久，秦地因为大旱，米价涨到每石五两银子，于是很多从边军退役，敢操刀的家伙都造反了……
值得一说的是张献忠，这位在延绥镇投军当了个小军官，犯了杀头的军法要行刑。正好王朴的老子王威作为总兵官路过，见张献忠身体修长，胡须修的很漂亮，总之就是感觉这个犯事的帅哥面相不俗，认为这么死了挺可惜的，于是把张献忠给放了……
后来，张献忠和李自成都在闯王高迎祥麾下担任闯将，高迎祥死后，他的外甥李自成接替，而张献忠率部自己去谋生路。
李自成和张献忠，他们相互是看不上对方的。