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海贼之起原当教匪发难、西北骚动之际，而东南沿海有海贼之乱，共剧烈盖亦不下于教匪。自康熙二十四年海禁大开，内外市舶往来江、浙、闽、粤沿岸者不绝。及乾隆末，安南阮光平父子以力征经营得国，生财政上之困难，不得已而以盗贼政略为补苴之策，乃招濒海亡命，资以师船，诱以爵赏，令劫近海商舶佐国用。自是夷艇出没粤海，夏至秋归，大为商民患。已而内地悍民附之，或受安南总兵若王侯敕印，为之向导，益深入闽、浙，有凤尾帮、水澳帮等目。朝廷未尝不知安南政府发纵指示之罪，顾以西事方亟，不暇穷治，惟责地方大吏自为防御。五年六月，贼艇百余艘聚偪台州，将登陆。定海总兵李长庚以三镇水师乘飓风雷雨，大破诸松门卫附近，获安南总兵四人，处以磔刑，以所得敕印掷还其国。会广南王后裔阮福映得法兰西人之援，以七年八月恢复旧领，求中国册封，乃一变前政府之方略，杜绝海贼。然海贼虽失安南政府之保护，而其中尤雄桀者，辄兼并群盗，自谋进取。一时蔡牵、朱濆之徒复纵横海上，患且益亟。
李长庚与蔡牵之海上角逐蔡牵者，福建同安人，奸猾能用众，既并有夷艇、夷炮及水澳、凤尾余党，乃以闽海为根据，号令商船出海者纳通行税四百圆，入港者倍之；又交通陆地会匪使阴济饷械，以故储蓄日富，公然握海上之霸权。是时李长庚以功擢浙江提督，新造战舰三十艘，配以大炮四百余门，号曰霆船，任浙海之防御。八年正月，牵以进香普陀故，至定海。长庚出牵不意，掩袭几获，昼夜穷追入闽海。牵舟在下风，度不得脱，乃伪乞降于闽督玉德，请檄浙师收港而乘间遁去。牵畏霆船甚，因厚赂闽商，更造新舰，令高大过霆船，先后载货出洋。于是牵连得巨舟，复以九年夏犯台湾，劫米数千石，分饷广东海贼朱濆；连■〈舟宗〉八十余，猝入闽海。会温州总兵胡振声方以二十四艘就闽运造舟木材，玉德遽檄令击贼，而不发本省一兵出援，振声竟战死浮鹰岛洋面。诏以长庚总统浙、闽水师，以温州、海坛两镇为左右翼，使并力办贼。八月，长庚合诸镇兵，与牵、濆联合舰队百余艘激战于定海北渔山附近，几粉碎贼舰。贼乘大风雨遁去，自是畏长庚如神，不敢复犯浙。
李长庚之战死顾闽中自乾隆中叶以来，历任督臣如雅德、伍拉纳等率贪冒不职，习为风气，吏治军政之坏既达极点；至是，玉德益以废弛掣长庚肘。牵败归，则根据闽海如故，刷新战具，啸聚转来。复以十年冬，率百余艘寇台湾，沈舟塞鹿耳门，号召土匪万余围攻府城（台南），自称镇海王，欲遂规郑成功故事；而福建水陆官兵七万余，赴援者不过三、四千。明年二月，朝廷方严旨诘责，议调德楞泰督川兵往剿，而长庚已以浙师三千余渡台，水陆兼进，五战皆捷，包围牵于鹿耳门，旦夕奏凯。而牵散钱四百余万赂闽兵，得以残舰三十余突围出海。朝廷乃诏罢德楞泰之行，旋夺玉德职治罪，以阿林保代之。阿林保忌长庾益甚，莅任未数月，密疏劾之者三，赖浙抚清安泰力白其诬，长庚得不去，转战闽、粤沿海者复两年，卒以十二年十二月二十五日击牵南澳洋面，中贼舰炮弹战死，牵仅以三舟遁入安南海。长庚熟海岛形势、风云沙线，每战自持舵，虽老于操舟者不能及；以捐造船械，倾其家赀。家故与蔡牵同县（同安），长庚转战中数过县境，未尝一顾。朝廷方倚以灭贼，闻变震悼，追封一等壮烈伯，以其部将王得禄、邱良功嗣其任，勉以同心敌忾，为之复雠。
海贼之消灭蔡牵自屡受长庚大创后，虽以闽师协剿不力之故，一时幸免，然精锐储蓄亦略尽。十三年，自安南回棹，得朱濆资助，复联合游弋浙海。时阮元再任浙抚，用反间策离之。濆独窜闽，遂为官军轰毙。其弟渥代领其众，终以十四年七月率所部三千余，籍船四十二、炮八百余，降于闽。同时，两广督臣百龄又严禁陆地接济，废止本省海运，先后降服贼舰数十；牵往来闽、浙沿岸，势渐孤。于是浙江提督邱良功、福建提督王得禄合两省水师，以八月十七日袭击诸渔山外洋。牵舟尚三十余，惟炮弹已尽，乃用番银代之。官军以全力注牵坐船，毁其柁楼。牵知不免，卒举炮自裂沈于海；其余党千三百人及粤海余贼万九千四百余人，遂以十五年各缴炮械乞降，而后三省海疆之巨患始得消灭云。